"Setiap desa atau daerah pasti memiliki sejarah dan latar belakang tersendiri yang merupakan pencerminan dari karakter dan pencirian khas tertentu dari suatu daerah, Sejarah desa atau daerah sering tertuang dalam cerita yang diwariskan secara turun temurun dari mulut ke mulut sehingga sulit untuk dibuktikan secara fakta. Dalam hal ini Desa Pulung Merdiko juga memiliki cerita asal-usul dan hal tersebut merupakan identitas dari Desa Pulung Merdiko yang merupakan hutan belantara yang lebat dan belum dijamah oleh manusia. Namun karena proses hidup dan kehidupan manusia serta perkembangan daya pikir manusia maka timbul persekutuan manusia yang hidup bersama pada suatu tempat tertentu yang hingga sekarang ini disebut desa.
Adapun sejarah timbulnya DesaPulung Merdiko konon kabarnya menurut cerita dari para sesepuh Desa Pulung Merdiko adalah sebagai berikut.
"Dalam perkembangan selanjutnya dari tahun ke tahun jumlah penduduk semakin meningkat. Dukuh-dukuh menjadi ramai dan daerah tersebut sampai sekarang kemudian dikenal dengan nama Desa”, adapun Dukuh - Dukuh di Desa Pulung Merdiko tersebut adalah :
1. Dukuh Krajan
2. Dukuh Segropyak
Dalam suatu desa, penting adanya sebuah sistem pemerintahan yang dipimpin oleh kepala desa. Begitupun dengan Desa Pulung Merdiko dengan struktur pemerintahan desa mulai dari sejarah kepala desa hingga perangkat desa dan lembaga-lembaga lain di desa seperti BPD, LPMD, PKK, Poktan, Posyandu, Karang Taruna, dan lain-lain.
berikut ini adalah sejarah periode masa jabatan Kepala Desa Pulung Merdiko :
| No | Kepala Desa | Periode jabatan |
| 1 | - | TIDAK DIKETAHUI |
| 2 | - | TIDAK DIKETAHUI |
| 3 | - | TIDAK DIKETAHUI |
| 4 | - | 1918 - 1930 |
| 5 | - | 1936 - 1960 |
| 6 | - | 1961 - 1990 |
| 7 | - | 1990 - 2006 |
| 8 | SITI AMINAH | 2006 - 2012 |
| 9 | SLAMET SURYANI | 2012 - 2018 |
| 10 | SUROSO | 2019 - SEKARANG |